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生活事件和5-羟色胺转运体
在一项具有里程碑意义的研究中，Caspi及其同事发现，重度抑郁发作和SERT基因型与负性生活事件之间的交互作用有关。与s/l或l/l基因型相比，短变异体纯合子，即s/s基因型的个体在遇到应激性生活事件时，更可能罹患重度抑郁症，并且症状严重程度更高（Caspi等，）。采用上述相同的双生子注册研究，Kendler及其同事（）同样发现s/s基因型组的抑郁发作风险更高。SERT基因的这一多态性变异也和神经质有关，而神经质被认为是抑郁症发作与复发的风险因素，但这一结论只在一些研究中被证实（Lesch等，）而没有在所有研究中得到支持（Deary等，）。最后，研究显示SERT启动子多态性影响抗抑郁药的治疗反应（Melke等，）。
HPA轴和免疫功能
在MDD患者中报道的最一致的神经内分泌发现涉及HPA轴功能障碍（Plotsky等，）。在MDD患者中，异常的皮质醇反应似乎保持稳定，而与抑郁状态无关（Modell等，；Zobel等，），并且来自情感障碍高危家庭中的未患病个体，和来自非高危家庭的正常个体相比，二者的皮质醇反应存在差异（Holsboer等，）。糖皮质激素受体（GR）功能低下（Mizoguchi等，）和盐皮质激素受体机能亢进（Young等，）是将促肾上腺皮质激素释放激素（CRH）和HPA轴功能紊乱与多个脑区间（如前额皮质、杏仁核与海马）沟通异常联系在一起的假定机制（Gesing等，）。
此外，有研究者（Antonijevic，）发现，在重度抑郁发作中，HPA轴功能亢进和功能减退的内表型可能受炎症免疫反应的影响，尤其是异常升高的细胞因子IL-α和IL-β水平。免疫抑制治疗（如治疗丙型肝炎或癌症的干扰素-α）中抑郁症状的高发生率和提前给予SSRI抗抑郁药的预防效应进一步提示应该考虑使用细胞因子来区分内表型（见Raison等，的综述）。
海马体积和神经发生
海马体积减小是MDD研究中一致性较高的结果（Konarski等，待刊），并且海马体积与未经治疗的抑郁患者的寿命（Sheline等，）和记忆损害（MacQueen等，）有关，尽管基础研究（Lyons等，）和一项双生子研究（Pitman等，）显示，海马体积减小是遗传特征。有报道表明抗抑郁治疗能逆转或阻止海马萎缩（Vermetten等，），这可能与不同抗抑郁药都有促进神经发生的能力有关。
有证据表明，应激可减少海马中的神经发生，这些研究证据引起了研究者的兴趣。应激对神经发生的影响涉及海马齿状回和锥体细胞层中脑源性神经营养因子（BDNF）的表达下降（Duman，），可能还与血管内皮生长因子水平的下降有关（Heine等，）。通过使用各种基础研究中的慢性应激抑郁模型，一些研究者发现抗抑郁治疗能够预防或逆转应激对神经发生的抑制效应。一项设计严谨的慢性温和应激研究发现，长期艾斯西酞普兰治疗可增加动物的蔗糖消耗量（动物模型中表示快感缺乏的行为指标）和海马中的神经发生（Jayatissa等，）。一些研究报告发现，抑郁症患者的血清BDNF含量显著降低，而有效的抗抑郁治疗能使降低的血清BDNF回升，虽然目前不清楚血清BDNF水平在何种程度上能反映海马中的BDNF表达。然而，还需要进行更多的研究，以理解BDNF的多态性与抑郁症的相关性，并确定降低的BDNF究竟是抑郁症患者的一过性状态还是持久特质（Duman和Monteggia，的综述）。
来自应激的生物学研究的多方面证据，包括显著增加的皮质醇水平、对神经发生的抑制、海马（记忆）功能和体积的减退，这些结果使得研究者将神经认知功能作为又一个MDD假定内表型的怎样治疗白癫风卡介苗疫苗是否适合白癜风患者